Футбольный клуб Морейренсе был основан в 1938 году в городе Морейра-де-Конегос, Португалия. Первый выход во второй дивизион команда осуществила в 1995 году, вернувшись на этот уровень спустя шесть лет. Под руководством тренера Мануэла Машаду северяне добились двух последовательных чемпионских титулов, что позволило им выйти в элитный дивизион.
В период с 2002 по 2004 годы Морейренсе демонстрировал стабильные результаты в высшей лиге, заняв наивысшее в своей истории девятое место в сезоне 2003/04. После ухода Машаду в соседний Виторию де Гимарайнш клуб пережил две последовательные понижения в классе, но сумел вернуться во второй дивизион в 2010 году, а затем и в первый — в 2012 году. Команда выступает на стадионе Эштадиу Комендадор Жоаким де Алмейда Фрейтас.
